Інститут сільськогосподарської мікробіології та агропромислового виробництва НААН проводить і координує наукові дослідження у галузі сільськогосподарської мікробіології, сприяє впровадженню їх результатів у агропромислове виробництво, здійснює підготовку наукових кадрів вищої кваліфікації. Основні напрями наукової діяльності: ґрунтова мікробіологія: питання біологічної трансформації сполук азоту і фосфору, рослинно-мікробних взаємодій, фізіології росту ґрунтових мікроорганізмів, екологічного землеробства; біологічний захист рослин і тварин: захист рослин від хвороб, діагностика збудників вірусних хвороб рослин і тварин; зоотехнічна мікробіологія: розробка препаратів пробіотичної дії; технологій заготівлі і зберігання кормів; наукове забезпечення агропромислового виробництва: створення нових сортів і технологій.