Лишайники мають велике значення для всього живого: вони мають можливість заселяти території, де немає іншої рослинності, і створюють умови для поселення інших видів. Тому їх називають піонерами рослинності. Вони є яскраво вираженими екстремістами, тому добре переносять холодні або жаркі місця, а також бідні мінералами. Коли утворюється лишайник, такі місця збагачуються перегноєм, створюючи родючий ґрунт. Важливість лишайників в тому, що це найвідоміші біоіндикатори якості повітря та забруднення повітря. Оскільки вони не мають здатності виводити з організму поглинені речовини, вони гинуть після того, як кількість шкідливих речовин стає токсичною. Наявність лишайників на тій чи тій території є підтвердженням виняткової чистоти повітря. Території з великим забрудненням повітря називаються лишайниковими пустелями. Оскільки вони населяють землі, бідні мінералами, на яких рослини не ростуть (наприклад, тундру), вони є основною їжею для тварин цієї місцевості (наприклад, північних оленів). Однак деякі види лишайників багаті крохмалем (Cetraria islandica — ісландський лишайник або ісландський мох) використовуються людиною для випікання хліба та приготування інших страв. Лишайники також широко застосовують у медицині, оскільки із кількох видів були виділені антибіотики. Безумовно, найвідоміший — уже згаданий ісландський мох, який часто називають рослинним антибіотиком і лікарські форми якого найчастіше використовують як засіб для лікування кашлю при запаленні верхніх дихальних шляхів. Екстракт ісландського лишайника є невід’ємною складовою деяких препаратів для лікування шлункових захворювань, шкірних інфекцій, юнацьких прищів, дерматиту тощо. Деякі види містять ароматичні олії, які використовуються для виготовлення парфумів. Таким є дубовий лишайник (Evernia prunasti), олія якого чинить розслаблюючу дію, полегшує сон та має еротичний ефект. Лишайники використовують у текстильній промисловості для фарбування тканин та у виробництві лакмусового паперу.