Велика кількість патогенних грибів, бактерій та вірусів атакує сади і може завдати величезної шкоди. Плоди, які пошкоджені морозом, гризунами, комахами або потрапляють під надмірну вологість (ґрунт і повітря), часто атакуються грибковими захворюваннями. Особливо важкі захворювання викликаються бактеріальним опіком. Атака починається з квітів і молодих пагонів і може прогресувати до основних гілок аж до стовбура. Якщо стовбур заражений, то дерево зазвичай гине. Рак плодів атакує стволи та коріння Рак плодів - це дуже серйозне грибкове або бактеріальне захворювання, спричинене численними грибами та бактеріями, які атакують дерева та коріння плодових дерев, внаслідок чого гинуть окремі гілки або цілі дерева. Симптомом раку плодів є груба шкірка (вогнища, пухлинні омертвілі тканини), на якій часто з’являється смола. На пошкоджені ділянки нападають інші хвороби та шкідники, а в місці зараження гілки легко ламаються. Леукостомоз (цитоспороз) кісточкових культур (Leucostoma persoonii зустрічається в більш теплих регіонах, а Leucostoma cincta - в більш холодних) - грибкове захворювання, яке може вбити кісточкові плоди, вражає персики, нектарини, сливи, абрикоси, вишні, а іноді і яблука. Інфекції кісточкових плодів швидко поширюються, тому окремі гілки або цілі дерева гинуть протягом 4 - 8 років після первинного зараження (у молодих дерев висихання відбувається протягом 1-2 років після зараження). Плямистість викликає опадання листя Плямистість листя - це грибкове захворювання листя (вишні, яблука, груші та ін.), яке вражає дерева та плоди, та спричиняє загибель та повне опадання листя (дефоліація відбувається вже в липні). Це уповільнює ріст, стає причиною втрати сили та загибелі певних гілок. Гриб переживає зиму в зараженому опалому листі, а навесні знову заражає дерево.