Рослина використовується як спеція завдяки надзвичайно приємному ароматному запаху. Збирання всієї надземної частини проводиться безпосередньо перед цвітінням, протягом квітня та травня, і в основному використовується у висушеному вигляді. Правильно висушений, він набуває темно-зеленого кольору, а при висиханні використовується як спеція для салатів, солодких страв (наприклад, пудингу) та безалкогольних напоїв і вин. В Німеччині його додають в пивний сироп, ковбаси, киселі та джеми. Завдяки приємному запаху з цієї рослини можна готувати відвар для розслабляючої ванни, його додають до тютюну в сигаретах (запах кумарину), а смажене насіння - хороший замінник кави. У нашій країні підмаренник запашний більш відомий своїм широким використанням у народній медицині як проносний, сечогінний засіб, при аритміях серця, водянці, при гострих катарах шлунка і кишок, як пом'якшувальний засіб при кашлі, як заспокійливий засіб. Приємному запаху суха рослина завдячує наявності кумарину у свіжій рослині. Важливо підкреслити, що кумарин є токсичною сполукою, і його використання для ароматизації харчових продуктів заборонено, особливо через його канцерогенні властивості. Підмаренник запашний застосовується проти захворювань селезінки та печінки, жовтяниці, розладів шлунку, спазмів, нервових захворювань, нерегулярних менструацій та мігрені. Крім того, він лікує сечовивідні органи, зміцнює серце, особливо при неналежній роботі, усуває безсоння, очищає кров.