Якщо під час утворення стручків трапляється напад таких захворювань, як борошниста роса або склеротинія, її можна лікувати екологічними препаратами, такими як калієве мило або бордоський відвар. Калійне мило або біопестициди можна використовувати від нападу комах або кліща. Квіткові пояси диких, польових квітів на краях клумб та ріллі можуть допомогти захистити. Такі рослини приваблюють хороших комах, таких як сонечкові та деякі оси, які потім справляються з попелицями та іншими шкідниками. Збір сої проводиться в кінці вересня або на початку жовтня, тобто коли опаде все листя. Комбайн встановлюють низько, а сою сушать відразу після збирання, при вмісті вологи 13%.