Для коммерческого использования необходимо получить посевной материал, то есть вакцину с микоризными грибами. Вакцина может быть в форме живого микоризного мицелия или в виде сухих препаратов (спор). Живой микоризный мицелий содержится в водном растворе в форме геля и имеет срок годности несколько лет при температуре хранения около 0 °C, и теряет свои свойства, если высохнет или перегреется. Преимуществом вакцины, приготовленной таким способом, является способность грибков легко и быстро вступать в симбиоз с растением благодаря живым гифам. При использовании сухой вакцины в форме спор установление микоризы происходит медленнее, и могут возникнуть трудности с прорастанием спор. Эндомикориза интересная для овощных культур, поскольку большинство видов овощей (кроме капусты и кресс-салата) способны установить этот вид микоризы. Применение микоризы может быть значительным при выращивании рассады овощей, когда они выращиваются в теплицах, а также везде, где в производстве овощей желательно избегать применения большого количества удобрений и пестицидов. Также значительные преимущества перед немикоризованными растениями наблюдаются при выращивании рассады овощей. Такие саженцы развиваются быстрее и лучше, что сокращает время производства.