Деякі з найважливіших захворювань паприки Каліфорнійський трипс - лікування проводиться інсектицидом на основі: абамектин, тіаметоксам, піретроїд. Бажано змінювати діючі речовини під час кожної обробки, щоб комахи не розвивали стійкості. Каліфорнійський трипс найбільш поширений в оранжереях і може становити від 10 до 15 поколінь протягом року. Він атакує квіти, молоде листя і запліднені плоди, залишаючи на них чорні лінії (у формі візерунка). Фітофтороз - обробка проводиться фунгіцидами на основі металаксилу або манкозебу. Хоча у теплиці представлений не часто, його стан слід контролювати та вживати профілактичних заходів для запобігання зараження. Сіра гниль - обробка проводиться фунгіцидами на основі піриметанілу, боскаліду, флудіоксонілу. Збудник атакує плоди перцю, і викликає їх гниття. Це явище може виникнути, якщо у нас немає збалансованої підгодівлі, погана вентиляція або освітлення тощо. Попелиці - лікування проводиться фунгіцидами на основі дельтаметрину та тиаклоприду. За одну вегетацію може бути декілька поколінь, тому необхідний постійний моніторинг стану та профілактичне лікування. Попелиці є носіями вірусу, тому потрібно звертати увагу і своєчасно проводити лікування. Це одні з найпоширеніших захворювань у теплицях, які потребують найбільшої уваги.