Важнейшим ингредиентом хинного дерева является алкалоид хинин, содержащийся в коре с большим количеством алкалоидов и кислот, которые светятся голубым под ультрафиолетовым светом. Хинолиновый энантиомер хинин играет важную роль в лечении сердца.

Хинин наиболее известны как антималярийное средство. В европейской фитотерапии их до сих пор считают спазмолитиками, горькими общеукрепляющими и жаропонижающими средствами. Они используются для стимуляции аппетита при проблемах, вызванных неправильным функционированием печени, селезенки или мочевого пузыря, нарушением сердцебиения, анемией, судорогами в ногах, против алкоголизма и против выпадения волос.

Индейские народы Южной Америки считают хинное дерево, кроме как растения, применяется для лечения малярии и снижение всех видов лихорадки, лекарственным средством, применяется при раке молочной железы, брюшной полости и селезенки, при сердечных проблемах, расстройстве пищеварения, диспепсии, дизентерии, простуде, гриппа, пневмонии, похмелье, люмбаго, невралгии, ишиасе, варикозному расширению вен и тифа.

Применяется внутрь и наружно. Современные освежающие напитки, называются тонизирующим водой, имеют очень малую долю хинина и потребляются больше для аромата, но сегодня можно купить кору или порошок хинина в интернете и сделать из них чай. Хинин также используется в косметике как основной ингредиент шампуней и кремов.

Если хинин принимают внутривенно слишком долго, это в редких случаях может вызвать летальный исход. Случайно введенный в нерв хинин вызывает паралич. У некоторых людей возникает аритмия сердца, также хинин может вызвать диарею, запор или эректильную дисфункцию. Следует иметь в виду, что этот алкалоид очень токсичен, если принимать его в чрезмерных дозах.