В течение вегетационного периода перец может быть атакован рядом болезней, ни одна из которых не может быть выделена как экономически вредная. Однако следует отметить некоторые болезни, чтобы производитель перца знал, как помочь растению в случае нападений на растения и появления симптомов. Прежде всего - это фитофтороз. Еще одной болезнью, которая может напасть на перец, является концентрическая или черная пятнистость. Третья болезнь, которая может повредить перец - это бурая пятнистость плодов перца (Colletotrichum nigrum). Эта болезнь может поражать все надземные части перца и большинство плодов. Симптомами являются крошечные красновато-коричневые пятна, на плодах они имеют эллиптический и вогнутый вид. С околоплодника инфекция распространяется на семена. В сезон дождей плоды становятся водянистыми и сильно гниют. Листья страдают реже. Растения перца редко погибают, но отдельные ветви на стебле могут высохнуть. Борьба с болезнью осуществляется посевом здоровых семян в стерилизованный субстрат, то есть при выращивании рассады в сооружениях защищенного грунта. Из фунгицидов следует использовать те, что на основе меди, которые успешно борются с этой болезнью при выращивании в поле или на огороде.