Защита перцев от фитофтороза сложная и включает ряд мероприятий. Необходимо принять соответствующие профилактические меры для предотвращения заражения, поскольку больные растения не могут выздороветь, и дальнейшее развитие болезни ничем не возможно предотвратить. В районах, где присутствует возбудитель, обязательна дезинфекция почвы, которая проводится водяным паром, фумигантами или контактными фунгицидами. Во время пересадки каждое растение следует поливать раствором препаратов на основе пропамокарба гидрохлорида, а затем обрабатывать фунгицидами на основе металаксила или манкозеба. Воду, содержащую возбудитель болезни, нельзя использовать для полива растений. Если болезнь появляется массово, больные растения следует искоренить и сжечь. Большинство культурных сортов перца восприимчивы к этому возбудителю, и важным советом, который необходимо соблюдать в производстве, является севооборот, который предусматривает изменение растений в пространстве и времени.