Поскольку в мире существует много разных групп грибов, биопестициды на основе этих микроорганизмов имеют разные механизмы действия. Наиболее распространенными механизмами действия грибов являются: конкуренция, микропаразитизм и производство метаболитов. Для коммерческого производства биопестицидов часто используются грибы Beauveria Basiano и Trichoderma spp, тогда как препараты на основе этих грибов часто используют в теплицах, при выращивании декоративных растений, овощей, зерновых, а также в лесном хозяйстве для борьбы с большим количеством микроорганизмов. Грибы борются с другими патогенными организмами за пространство и пищу Группа грибов Trichoderma spp. - одна из самых распространенных, существующих в природе. Эти грибы обладают способностью колонизировать корни культурных растений, не оказывая на них вредного воздействия, и являются отличным средством биоконтроля. Trichoderma spp., наряду с другими патогенными грибами, борется за пищу и пространство, тем самым стимулируя защитный механизм растений. Гриб Trichoderma harzianum используется для борьбы с сухой гнилью, а вид Pytium oligandrum является антагонистом видов Phytophtora, Rhizoctonia Verticillium и Sclerotinia. Биофунгициды на основе гриба Coniothyrium minitans используются для борьбы с грибами рода Sclerotinia, а Ammpelomyces quisiqualis - для борьбы с возбудителем мучнистой росы. Существует несколько сотен грибов, которые действуют на насекомых Beauveria bassiana - это гриб, который действует как паразит многих видов насекомых. B. bassiana имеет широкий спектр хозяев, хотя есть и специфические виды для каждого типа насекомых. Споры гриба B. bassiana прилипают непосредственно к кутикуле хозяина, где прорастают и вырабатывают ферменты, которые расщепляют кутикулу, проникая в тело насекомого, питаясь внутренними тканями и выделяя токсины. Когда насекомое умирает, оно меняет цвет на розовый или коричневый, а его внутренняя часть полностью заполняется грибковым мицелием.