Различные насекомые, улитки и мелкие млекопитающие могут уничтожить определенные части растения, а бороться с ними происходит с помощью инсектицидов или средств, отталкивающих их от определенных частей растения. Различные грибковые заболевания могут вызвать гниение подземных или надземных частей растения, особенно в холодные и дождливые периоды. В таком случае используйте один из системных фунгицидов, а еще лучше, для предотвращения этой проблемы, посадите лилии в наиболее подходящее место для их выращивания. Лилии также восприимчивы к вирусам, как вирус мозаики лилий, передаваемой насекомыми. К сожалению, лекарств от него нет, а при заражении растение нужно уничтожить. Однако есть также некоторые устойчивые сорта, которые цветут, несмотря на заражение.