Одной из больших трудностей для более быстрого применения и распространения эндомикоризы на практике является коммерческое производство посевного материала. Ожидается, что производство коммерческого инокулята, то есть специализированных вакцин против микоризных грибов для определенных видов растений, будет расширяться. Таким образом, сегодня на рынке можно найти вакцины для винограда, фруктовых видов, овощей, орхидей, хвойных деревьев и др. Было установлено, что влияние ВАМ значительно уменьшается (а может даже полностью нивелировано), в зависимости от количества фосфора в почве. Причина в том, что высокая концентрация фосфора изменяет анатомическую структуру корня, препятствует проникновению гриба в него. Саженцы микоризы имеют преимущество при высадке в стерилизованную почву после дезинфекции на защищенных территориях. Кроме того, установив микоризу, можно восстановить большинство растений, поврежденных из-за чрезмерного количества гербицидов. Применяя микоризу, можно значительно повысить устойчивость растений к некоторым заболеваниям, что особую роль играет в органическом овощеводстве. Растения, выращенные из инфицированного микоризой семян (в фазе пересадки), могут быть более толерантными к стрессу при пересадке, чем немикоризные растения, или привитые только во время пересадки.