Посадку нужно поддерживать регулярным поливом, подкормкой и защитой от сорняков, вредителей и болезней. Чаще всего сорняки удаляют вручную или путем применения гербицидов, поскольку механическое удаление сорняков на чесночной плантации трудно сделать. Наиболее значительным вредителем чеснока является чесночная муха (Helomyza lurida или Suilia lurida). Самки этого вредителя откладывают яйца у растений чеснока или приклеивают их к растениям на уровне земли. Вред наносят личинки, которые зарываются в ткань центральных листьев чеснока и обгладывают их в направлении луковицы. Поврежденная ткань распадается, центральные листья засыхают, а боковые остаются невредимыми. Стебель и листья легко отделяются от луковицы. Чтобы предотвратить нападение чесночной мухи, необходимо соблюдать севооборот, поддерживать хорошее здоровье растений, а иногда эффективно сажать чеснок раньше осенью. В случае заражения необходимо своевременно удалять зараженные растения. Химический контроль можно проводить путем профилактического внесения почвенных инсектицидов перед посадкой. За исключением чесночной мухи, вред могут нанести грунтовые вредители, такие как хрущи и проволочники, которых контролируют, применяя грунтовые инсектициды перед посадкой. Основные проблемы в производстве чеснока могут быть вызваны нематодами рода Ditylenhus, которые вызывают пожелтение и загнивание листьев и размягчение луковиц. Наиболее надежным методом предотвращения заражения нематодами является соблюдение севооборота и посадка устойчивого чеснока. В районах, где чеснок выращивают регулярно, часто появляется пероноспороз (Peronospora destructor), ржавчина (Puccinia alli) и белая гниль (Sclerotium cepivorum). Севооборот, устойчивые экотипы и другие профилактические меры значительно уменьшают возможность заражения.