При однолетнем выращивании хрен выкапывают поздней осенью, когда растение вступает в покой и листья желтеют. В исключительных случаях его можно удалить зимой (если почва не мерзлая и температура выше 0 °C) и весной до начала новой вегетации. Если корни из-за засухи или по иным причинам не достигли необходимых размеров, урожай оставляют еще на год. Хрен копают различными специальными копалками (для свеклы, картофеля или моркови), которые регулируют как можно глубже, чтобы вывести все растение на поверхность. Урожайность хрена может составлять 7 - 10 т / га. Корни очищают от почвы, обрезают листья, вторичные побеги для размножения или обработки, а также мелкие корни и почки. Переработанный хрен можно хранить до 6 месяцев при температуре 0 - 1 °C и относительной влажности воздуха 95%. Не переработанный хрен можно хранить в подвалах с хорошей защитой от мороза.