Использование навоза в органическом производстве должно быть сбалансированным: как можно больше положительных эффектов и как можно меньше отрицательных. Итак, навоз содержит много фосфора и калия, поэтому его передозировка может привести к ожогам корней, уменьшить устойчивость к вредителям и болезнетворных микроорганизмов, а также сократить срок хранения навоза. Избыточное количество питательных веществ может блокировать усвоение растением других питательных веществ, хотя их в почве достаточно. Избыток фосфата препятствует поглощению меди и цинка, а избыток калия уменьшает поглощение бора, марганца и магния. Кроме того, во время разложения навоза выделяются многочисленные органические кислоты, что приводит к закислению почвы. Как следствие, возникает неспособность усваивать кальций, а затем деформация плодов и низкие урожаи. С другой стороны, избыточное внесение навоза приводит к образованию избытка азота в почве. Следствием этого является вегетативный рост растений, который не сопровождается адекватным развитием плодов. Очень важно знать степень использования навоза, так как навоз, в отличие от минеральных удобрений, отличается пролонгированным действием. А именно, хотя калий в среднем используется полностью в первый год, использование азота составляет в среднем 50%, а использование фосфора еще ниже. Кроме того, важно использовать зрелый (ферментированный) навоз, потому что он имеет наилучшее соотношение питательных веществ и органических веществ и, кроме того, будет иметь наименьшее негативное воздействие на растения и почву, поскольку в органическом производстве запрещено использовать коммерческие инсектициды на основе различных химически активных веществ. Минимальный период времени, необходимый для ферментации навоза, составляет 5-6 месяцев, хотя в некоторых условиях (высокая влажность, сильный холод) он достигает 1 года и более.