Новішим методом знезаражування землі є так звана анаеробна дезінфекція ґрунту. Вона була створена наприкінці 90-х років у Японії та Нідерландах і досі досліджується вченими. Анаеробна дезінфекція ґрунту — це біологічний метод, заснований на анаеробних умовах, придатних для мікроорганізмів, які контролюють зимуючі форми шкідників у ґрунті, хвороби та бур’яни. Створення анаеробних умов може здійснюватися кількома способами: • у ґрунт вводять вуглець, який легко розкладається, а використання гною у самому овочівництві збільшує концентрацію СО2 у повітрі всередині теплиці; • ґрунт покривають поліетиленовою плівкою для утримання вологи вище вмісту ґрунту, мульчування має на меті запобігти розвитку бур’янів, зменшити активність комах, втрати вологи та зберегти структуру ґрунту; • ґрунт зрошують до насичення для створення анаеробних умов. Під час цих процесів анаеробні деградатори використовують додатковий вуглець, який виділяє органічні кислоти, шкідливі для патогенів.