Патогены растений, то есть микроорганизмы, могут существенно регулировать количество сорняков в определенной среде. Таким образом, например, гриб Coletotrichum utilix инфицирует и контролирует Xanthium spinosum, Corilicum spp. и Mycosphaerella spp., может инфицировать Pteridium aquilinum. Amaranthus retroflexus чувствителен к грибу Rhizotonia solani и др. В целях борьбы с повиликой (Cuscuta spp.) изучается возможность использования гриба Alternaria cuscutoides, а также других видов грибов. Возбудитель вводится двумя способами: классическим методом заражение сорняков и дальнейшего независимого распространения, и микрогербицидной обработкой культурных растений возбудителями сорняков. Преимущества и недостатки использования биопестицидов на основе грибков Некоторые из возможных преимуществ биопестицидов перед химическими веществами заключаются в том, что они экологически безопасны, непостоянны (не обладают пролонгированным действием) и менее подвержены устойчивости. С другой стороны, недостатками биологического контроля являются: более низкий уровень и невозможность долгосрочного контроля, возможность мутаций, изменчивость и невозможность применения на больших площадях.