Боротьба зі шкідниками є обов’язковим заходом, оскільки вони з’являються регулярно. Профілактичним заходом захисту є дотримання сівозміни, яка повинна складати чотири роки. Кількість популяцій шкідників, тобто появу та інтенсивність польоту та момент контролю дорослих цибулевих мух можна регулювати за допомогою жовтих клейких дощок. Зменшити інтенсивність пошкодження можна, посадивши цибулю раніше чи пізніше, а також розміщуючи її поруч з такими рослинами-антагоністами, як морква (цибуля захищає моркву від морквяних мух, а морква захищає цибулю від цибулевих). Також атаку цього шкідника можна зменшити за допомогою механічних заходів, тобто вищипуючи заражені рослини, висаджуючи цибулю якомога далі від територій, на яких він вирощувався в попередні роки (мінімальна відстань 400 м). Коли рослина цибулі виросте до стадії трьох-чотирьох листків, рекомендується перший захист дуги обробкою. Лікування слід повторити через два тижні. Коли цибуля висаджується для виробництва, посадковий матеріал можна занурити в захисний засіб перед посадкою, що містить активну речовину азадирактин, отриману з тропічної рослини нім (Azadirachta indica), яка є ботанічним інсектицидом. Азадирактин проникає в лист і частково систематично транспортується всередині рослини. Активна речовина агента блокує належне функціонування гормонів шкідників, що призводить до зниження активності комах при годівлі, польотах, спаровуванні та відкладанні яєць. Застосовується проти цибулевих мух у цибулі, цибулі-пореї та часнику протягом вегетації у кількості 2-3 л/га при витраті води 1000 л/га.