З того моменту, як коріння розвиваються в ґрунті, на ньому осідають гриби. Вони створюють численні гіфи, які проникають у землю набагато далі, ніж коренева система, і забезпечують її мінералами та водою із шарів ґрунту, до яких рослина не може дійти самостійно. У свою чергу, вони використовують сполуки вуглецю та енергію фотосинтезу з рослини. Цей взаємний зв’язок між корінням вищих рослин і грибами називається мікоризою. Mycorrhiza буквально означає гриби в корені і утворилося завдяки поєднанню двох слів: грецьке mykes – гриб та латинське rhiza – коріння. Мікориза поділяється на дві основні категорії: перше – ектомікориза, що утворює мережу гіф між кореневими клітинами та гіфами, що обволікають коріння та проникають у навколишній ґрунт, та друге – ендомікориза, яка створює особливі метаболічні структури з господарем всередині кореневих клітин та утворює мережу дрібних гіф у ґрунті. Відомо сім типів мікоризи: арбускулярна, ектомікориза, ектендомікориза, арбутоїдна, монотропоїдна, мікориза орхідеї та ерікоїдна. Живлення рослин фосфором та стійкість до важких металів Багато досліджень підтверджують, що мікоризні гриби впливають на живлення рослин, особливо на живлення фосфором. Оскільки його важко переміщати, дефіцит в кореневій зоні часто виникає на бідних ґрунтах. Рослини мікоризу отримують фосфор за допомогою гіф, які виходять за межі ризосфери і, таким чином, поглинають недоступний для рослин фосфор. До того ж, окрім фосфору, мікоризні гриби можуть мобілізувати та переміщувати інші поживні речовини, такі як азот, кальцій, калій, цинк та інші. Також було встановлено, що мікоризна інфекція може збільшити бар'єр у корені та стеблі щодо токсичних металів і, таким чином, створити стійкість до важких. Застосування мікоризи також дозволяє підвищити стійкість рослин до деяких захворювань. Інфекція може підтримувати колонізацію інших симбіотичних мікроорганізмів на корені, таких як Rhizobium, збільшуючи таким чином їхню стійкість до патогенних мікроорганізмів.