Боротьба зі збудником непроста і передбачає застосування планово-профілактичних заходів - агротехнічних, механічних і хімічних. Передусім, плануючи вирощування кісточкових фруктів, слід подбати про те, щоб вибрати дренований грунт і добре провітрювані ділянки. А також вибрати рослини, які мають більшу толерантність до збудника. Важливо також, щоб усі наявні заходи превентивного захисту застосовувались адекватно та вчасно. Не слід забувати, що після збору врожаю роботи в саду не закінчені, адже це час для заходів зі зниження інфекційного потенціалу на наступний сезон. Видалення зламаних, сухих та заражених гілок, гілочок, збір листя, висушених та муміфікованих плодів, вивезення та спалення за межами саду - вихідна точка. Осіння обробка препаратами із вмістом міді, а також їх поєднання з мінеральною олією є незамінним профілактичним захистом. На момент появи хвороби слід видалити всі гілки та гілочки, на яких видно інфекцію, вирізавши близько 30 см здорових тканин, видалити їх із саду та спалити. Щодо заходів хімічного захисту, то проводять дві обробки. Першу - до розкриття 30% квітів, а другу - через 5-6 днів, тобто у період повного цвітіння. Якщо погода сира і дощова, рекомендується додаткова, третя обробка. Застосовуються фунгіциди на основі таких діючих речовин, як ципродиніл, іпродіон, тебуконазол та інші. Для запобігання стійкості комбінують системні та захисні фунгіциди. Якщо квіти висохли, а плоди здаються политими гарячою водою, їм більше не можна допомогти фунгіцидами, і основна увага повинна бути спрямована на видалення джерела інфекції та збереження листяної маси для наступної вегетації. Заходи захисту від моніліозу включають захист від комах та інших факторів, що призводять до пошкодження плодів, а отже, полегшують проникнення патогенів.