Розсаду можна вирощувати в інкубаторіях, низьких або високих тунелях. У таких просторах формуються грядки шириною 1-1,2 м, на яких їх висівають вручну з міжряддям 10-15 см і відстанню між рослинами 2-3 см. Зазвичай після посіву та поливу горщики та грядки накривають текстильним волокном або папером, щоб підтримувати вологу до появи перших ознак проростання. Під час росту розсади на грядках або у горщиках важливо підтримувати оптимальну денну та нічну температуру, підтримувати оптимальну вологість та гарне освітлення. Вирощуючи розсаду томатів в оптимальних умовах швидше досягається необхідний розмір саджанця (5-9 листків, висота 15-25 см). Через можливу появу хвороб рослин та шкоду, заподіяну шкідливими організмами, томати слід вирощувати у багаторічній сівозміні. Правильна сівозміна при органічному вирощуванні томатів є профілактичним заходом для підтримки здоров’я рослин, родючості та біологічної активності ґрунту. При вирощуванні овочів садівники використовують змішані або комбіновані посадки в садах. Посадка помідорів з іншими видами овочів та квітів запобігає появі бур’янів та шкідливих комах природним шляхом. Хорошим сусідом помідорів виявилися селера, часник, квасоля, капуста, цибуля-порей, буряк, салат, цикорій, морква, петрушка. Настурція, посіяна поруч з помідором, захищає його від попелиці, а чорнобривці від неметод. Поєднання капусти та помідорів особливо ефективне, оскільки помідор відлякує білана капустяного. Горох, кріп та картопля виявились поганими сусідами томатів. Висаджуючи розсаду томатів на відкритому ґрунті слід подбати про те, щоб погодні умови були подібні до тих, що були в розсаді, оскільки помідори дуже чутливі до холоду.