Грибкові захворювання також не шкодують цього виду дерев, і серед найпоширеніших є Didymascella thujina, яка викликає буру пляму пагонів туї. Симптомами цього захворювання є невеликі білясті ділянки, що з’являються на верхній стороні однорічного листа, після чого можна помітити невеликі темно-коричневі плями, що представляють плодові тіла. Також на молодих пагонах взимку можна спостерігати окремі коричневі лусочки листя. У разі сильнішого нападу грибка заражене листя, яке восени не опало, набуває попелясто-сірого кольору. У міру прогресування хвороби дерево в нижній частині набуває вигляду обгорілого стовбура, тоді як крона стає тонкішою. Деякі заходи захисту рослин від грибкових атак: використання чистих, не заражених живців; регулярна заміна клумби для вирощування розсади; багаторазове використання фунгіцидів у розпліднику протягом вегетації. Ще одне грибкове захворювання поширене на туях, що спричиняє загибель пагонів, спричинене грибом Kabatina thujae, і виявляється на рослинах, які росли на ґрунтах, бідних калієм та магнієм. Напад частіше спостерігається, якщо туя росте у вологих умовах і в щільному комплексі, схожому на живопліт. На корі гілок зараженої рослини за допомогою лупи видно маленькі чорні пунктирні плодові тіла. У рідкісних випадках молоді дерева можуть загинути, але найчастіше гинуть лише верхні гілки. Захист фунгіцидами найбезпечніше проводити профілактично під час вегетації. Також ми проводимо профілактичний захист (взимку, у фазі спокою, але коли температура вище 5 °C) комбінацією мінеральних масел та сполук міді. Мінеральна олія має інсектицидну дію, а сполуки міді служать фунгіцидним захистом.