Часникова муха (Helomyza/Suilia) – шкідник, який атакує лише часник. Боротьба з ним здійснюється таким же способом та за допомогою тих самих інсектицидів, що і для цибулевої мухи, шляхом включення перед посадкою або обприскуванням під час польоту мухи. Посадка часнику раніше восени або пізніше навесні може зменшити та пом’якшити наслідки нападу. Цибулева моль (Acrolepia assectella) завдає шкоди цибулі, цибулі-порею та часнику. Вона має два покоління протягом року, а третє з’являється лише у теплих регіонах. На невеликих ділянках захист не є необхідним, він проводиться на площах для виробництва насіннєвої цибулі шляхом обприскування інсектицидами протягом літа метеликів першого та другого поколінь. Часник також пошкоджується стовбуровою нематодою роду Ditylenchus. Листя жовтіє і гниє, цибулини стають м’якими, порожніми і непридатними для посадки. Рослинний патоген Peronospora destructor завдає великої шкоди цибулинним овочам і навіть часнику, зменшуючи врожайність і викликаючи гниття заражених цибулин під час зберігання. Основним заходом захисту є посадка здорових гребінців та дотримання сівозміни. На часнику паразитують кілька видів роду Botrytis, деякі на надземних частинах, а деякі завдають шкоди і виникають під час зберігання. Біла гниль (Sclerotium cepivorum) атакує всі цибулинні овочі, а часник є найбільш чутливим до неї. Інфекції походять з ґрунту, в якому гриб виживає у вигляді склероцій протягом декількох років. Захист стосується багаторічної сівозміни (принаймні три роки). Пукцинія (Puccinia alli) – вид іржастих грибів, що також завдає значної шкоди часнику. Захист відноситься до знищення заражених рослинних залишків.