Серед найнебезпечніших шкідників шпинату слід назвати бурякову муху (Pegomya betae). Напад розпізнається за піднятим листяним епідермісом у вигляді міхурців, заселених личинками без голови та ніг. Паразит розвивається в умовах дуже високої вологості (оптимально 90%), протягом сезону формуються 3-5 поколінь, а профілактична обробка необхідна лише в тому випадку, якщо на зворотному боці молодих листків виявляють попарно відкладені довгасті та білі яйця. Шпинат може бути атакований й іншими шкідниками, наприклад, ґрунтовими шкідниками, жуками, солітерами, нематодами, кореневими мухами, земляними совками, попелицями та слимаками. Важливо виявити шкідника та застосувати досить ефективний інсектицид відповідно до обмежень! Наприклад, імідаклоприд дуже ефективний проти попелиць, метоксифензоїд та метафлумізон - проти гусениць попелиці, споносад - проти шкідливих мух і гусениць, а синтетичні піретроїди (лямбда-цигалотрин, дельтаметрин) діють проти попелиці та гусениць. Хвороби рослин із групи фітофторозу та борошнистої роси, як правило, поширюються по всій площі вирощування. В оптимальних умовах вологості і температура швидко поширюються, а на листяних овочах важче контролювати прямими заходами через обмеження й меншу кількість дозволених фунгіцидів.