У 1972 р. палеонтолог Лео Плас молодший виявив вимерлого молюска в каньйоні Ерроу (Невада) і дав йому латинську назву – Amaurotoma zappa, мотивуючи це тим, що «назва виду – це данина пам'яті Френка Заппи». У 1980 р. біолог Ед Мьорді назвав рід бичкових риб із Нової Гвінеї – Zappa, а також його окремому виду – Zappa confluentus, який, до слова, є ендеміком Нової Гвінеї. Вчений назвав рід на честь музиканта «за його чітку і проникливу позицію щодо відстоювання Першої поправки до Конституції США». Phialella zappai – вид калліфорнійскіх медуз, виявлений в 1987 р. Фердинандо Боєром, біологом італійського походження, який захоплювався музикантом та зазначив, що «він би із задоволенням дав назву виду на честь сучасного композитора». Боєр написав Заппі з метою зустрітися і предстваити йому своє відкриття. Френк Заппа прийняв запрошення і відповів: «Немає нічого краще, ніж медуза з моїм ім'ям!». Знайомство згодом переросло у дружбу. На початку 80-х років у Камеруні бельгійські біологи Босман і Боссельєр виявили павука, якого в 1994 р. назвали Pachygnatha zappa, відмітивши, що «малюнок на вентральній стороні черевця самки цього виду дивовижно нагадує вуса легендарного артиста». У 1995 р. біологи з американського штату Меріленд на честь Заппи назвали ген - zapA, що належить бактерії Proteus mirabilis, збуднику сечостатевих інфекційних хвороб. В кінці своєї наукової статті вони «подякували Френкові Заппі за натхнення і допомогу генетичній номенклатурі». У 1999 році американські палеонтологи Марк Салак і Халард Лесцинський відкрили викопне багатоклітинне, яке назвали Spygori zappania на честь «Френка Заппи... мета якого була подібна до задачі ранніх палеонтологів – кидати виклик звичним, загальноприйнятим переконанням, навіть коли їм не вистачає опори з боку логіки та розуму». На додачу до цього і без того чималого списку, на честь славетного рок-музиканта названий Vallaris zappai (Bruijn et. аl, 2006), невеликий ссавець з раннього міоцену, виявлений в Анатолії, Туреччина.