Паразити впливають на організм господаря насамперед механічно. Наприклад, личинки аскарид під час міграції порушують цілісність стінок кишечника і альвеол легенів, скупчення аскарид і стьожкових червів може стати причиною непрохідності кишечника і перфорації його стінок. Сисуни, які паразитують у печінці, викликають закупорку жовчних ходів. Присмоктуючись до стінок кишечника, пласкі черви провокують некроз тканин. Хоботки кліщів і комах пошкоджують цілісність шкірних покривів, відкриваючи ворота вторинної інфекції. Токсико-алергічнии впливом володіють секрети слинних залоз кровососів, а продукти життєдіяльності або розпаду загиблих гельмінтів є сильними антигенами для організму хазяїна. Паразити і продукти їх життєдіяльності діють як біологічні мутагенні фактори. Паразити поглинають поживні речовини і вітаміни з організму господаря. Гельмінтози, як правило, супроводжуються гіповітамінозом і анемією. Паразити відкривають ворота для вторинної інфекції: найпростіші, гельмінти і їх личинки, кліщі і комахи, порушуючи цілісність шкірних покривів або слизових оболонок, відкриваючи шлях для проникнення інших патогенних мікроорганізмів. Порушення процесів обміну речовин у господаря (білкового, вуглеводного, жирового та ін.), загальне ослаблення організму, зниження його опірності і підвищення чутливості до інших захворювань (аскаридоз часто поєднується з дизентерією, черевний тиф - з гельмінтозами). Паразити пригнічують імунітет господаря. Біологічно активні речовини багатьох паразитів володіють імуносупресивною дією. Деякі паразити провокують утворення злоякісних пухлин: клонорх і опісторх - холангіокарціному, шистосоми - рак сечового міхура і прямої кишки. Паразити негативно впливають на перебіг вагітності і розвиток плоду (малярійні плазмодії, токсоплазма, опісторх): провокують токсикозний стан у вагітних, спричиняють викидні, порушують розвиток плоду (вроджені вади, такі як розумова відсталість, макро- і мікроцефалія, недорозвиненість органів).