Боротьба з мухами включає профілактичні та винищувальні заходи. Профілактичні заходи спрямовані на створення умов, які перешкоджають розмноженню мух, усунення місць відкладання яєць і виплоду з них мух на території тваринницьких ферм, а також перешкоджання зальоту мух в приміщення. Профілактичні заходи є головними і часто вирішальними у боротьбі з мухами в тваринницьких приміщеннях, а винищувальні - допоміжними. Винищувальні заходи, спрямовані проти личинок мух, передбачають використання різних інсектицидних препаратів, а проти окрилених мух провідними є механічні засоби знищення. Проти кімнатних мух, яким властива висока резистентність до застосовуваних препаратів, слід використовувати кожного разу нові препарати. Часто використовується 0,5% розчин хлорофосу з додаванням 0,5%-ого розчину карбонату амонію і 10% цукрових речовин. Використовуються різні аерозолі інсектицидів (дихлофос та ін.), липкі стрічки, листи, папір «мухомор», просочені хлорофосом та іншими інсектицидами. Також всередині приміщень ефективними є фумігатори, які нагріваючи пластинку або спеціальну рідину, випаровують інсектицид. Застосовуються і інсектицидні лампи, які своїм світлом приваблюють комах і вбивають електричним розрядом. Боротьба з мухами цеце ведеться в природних біотопах. Для знищення цієї мухи рекомендуються інсектициди 4 типів: хлорорганічні (діелдрін, ендосульфан), фосфорорганічні (азаметифос, фенілтротіон, фентіон); карбаматів (карбамід, пропоксур); перетроїди (циперметрин, перметрин). Застосовують також широкомасштабні обробки місцевості з використанням літаків і вертольотів. Обробляють місця денного і нічного перебування мух цеце в сухий сезон. Інсектициди використовують у вигляді масляних емульсій, обробку проводять у 4-6 циклів з інтервалом в 2-3 тижні. Як правило, цього достатньо, щоб знищити імаго мух цеце, які вийшли з усіх лялечок. Найкращі результати дає використання суміші 6 г ендосульфану і 0,1 г дельтаметріну на 1 га.