Хлорелла стимулирует выработку полезных бактерий в кишечнике, что, в свою очередь, оказывает пробиотическое действие на укрепление кишечной флоры и противодействие болезням. Исследование, проведенное Tadechi (1957) и его коллегами, показало, что хлорелла стимулирует рост Lactobacillus acidophilus, важной бактерии, которая способствует хорошему здоровью кишечника. Это можно объяснить большим количеством хлорофилла и волокнистых клеточных стенок в хлорелле, что заставляет полезные молочнокислые бактерии в кишечнике увеличиваться в четыре раза по сравнению с обычной скоростью и в то же время устранять неприятный запах стула. Таким образом, пищеварение и усвоение питательных веществ значительно улучшаются.