У період дозрівання моркви, що виростає в відкритому грунті, коренеплід можуть вражати захворювання і комахи-шкідники, яких манить солодкий запах і смак овоча.

Одним з найбільш частих захворювань, що вражають моркву є гниль. Вона буває декількох видів: біла, сіра, повстяна і суха.