Є кілька причин гниття жоржин. Гниль, викликана грибком Sclerotinia, - поширене захворювання жоржин. Цей грибок також вражає і інші види квітів. Проникає в коріння, поширюється на всі частини рослини, але в основному вражає бульби і нижню частину стебла. Уражені тканини розм'якшуються, розріджується і утворюють рясний білуватий наліт з міцелію і спор грибів. Пізніше з'являються чорні тверді тіла - склероції. При ураженні кореневої частини стебла рослини жовтіють і гинуть. Захворювання розвивається в умовах підвищеної вологості, особливо в дощові роки. Сильніше виявляється у важких і кислих грунтах. У бульбах інфекція продовжує розвиватися під час зберігання. Не варто вирощувати жоржини на сильно заражених ділянках грунту. 

Суха гниль, що викликається грибами Fusarium і Verticillium, також може виникати на бульбах жоржин при зберіганні. Бульби засихають, буріють і на них утворюються скупчення спор - рожевих або коричневих. Сильно уражуються слабкі, незрілі і погано просушені бульби. Коли такі бульби висаджуються, інфекція поширюється на рослини і призводить до їх в'янення.  

Також грибки розвиваються на листках жоржин і викликають появу круглих жовто-зелених плям діаметром від 2 до 10 мм. Пізніше плями стають жовто-коричневими або темно-коричневими. Листя засихають і опадають. Розрослися поодинокі листя слід негайно знищити. У разі більш сильного поширення грибка, його можна обприскати 10% бордоською сумішшю. Також жоржини уражаються вірусними захворюваннями. Листя жовтіють, рослини відстають у розвитку, набувають рунисту форму і погано цвітуть. Врешті-решт вони вмирають. Вірусні захворювання передаються попелицєю.