Використання гною в органічному виробництві має бути збалансованим: якомога більше позитивних ефектів і якомога менше негативних. Отже, гній містить багато фосфору та калію, тому його передозування може призвести до опіків коренів, зменшити стійкість до шкідників і хвороботворних мікроорганізмів, а також скоротити термін зберігання гною. Надмірна кількість поживних речовин може блокувати засвоєння рослиною інших поживних речовин, хоча їх у ґрунті достатньо. Надлишок фосфату перешкоджає поглинанню міді та цинку, а надлишок калію зменшує поглинання бору, марганцю та магнію. Крім того, під час розкладання гною виділяються численні органічні кислоти, що призводить до закислення ґрунту. Як наслідок, виникає нездатність засвоювати кальцій, а потім деформація плодів і низькі врожаї. З іншого боку, надлишкове внесення гною призводить до утворення надлишку азоту в ґрунті. Наслідком цього є вегетативний ріст рослин, що не супроводжується адекватним розвитком плодів. Дуже важливо знати ступінь використання гною, оскільки гній, на відміну від мінеральних добрив, характеризується пролонгованою дією. А саме, хоча калій у середньому повністю використовується в перший рік, утилізація азоту в середньому становить 50%, тоді як використання фосфору ще менше. Крім того, важливо використовувати зрілий (ферментований) гній, оскільки він має найкраще співвідношення поживних і органічних речовин і справлятиме незначний негативний вплив на рослини та ґрунт, оскільки при органічному виробництві заборонено використовувати комерційні інсектициди на основі різних хімічно активних речовин. Мінімальний період часу, необхідний для ферментації гною, становить 5-6 місяців, хоча в деяких умовах (висока вологість, сильний холод) він сягає 1 року і більше.