Моніліоз (Monilinia laxa, M. fructigena i M. fructicola), блакитна цвіль (Penicillium), чорна цвіль (Rhizopus), чорний рак гілок (Dibotryon), Phytophthora та інші гнилі - небезпечні захворювання, які можуть спричинити пересихання садів. Моніліоз є серйозною проблемою для більшості видів плодів. Ця грибкова хвороба призводить до загибелі квітів, поширюється на дерево і залишає коричневі рани на молодих пагонах. Хвороба також поширюється на плоди, що розкладаються або мають дуже низьку якість. Фітофтороз викликає загнивання коренів (і плодів) і є дуже руйнівним захворюванням фруктових дерев у всьому світі. Він часто атакує яблука, вишні та персики, тоді як груші та сливи відносно стійкі до нього. Корінь заражених плодових дерев гниє, дерева погано прогресують, листя хлоротичні і нарешті плоди засихають, іноді за дуже короткий час. Захворювання часто трапляється в слабо дренованих місцях саду (коли водонасичений ґрунт протягом тривалого часу). Навесні дерева можуть бути здоровими, але вони раптово гинуть в іншій фазі вегетації, особливо у вологих умовах. На хворих деревах листя часто набуває червонуватого або фіолетового кольору восени, коли листя на здорових плодових деревах все ще зелені. Вірним показником захворювання є червонувато-коричневий колір внутрішньої частини кори на кілька сантиметрів нижче рівня землі.