Незалежно від того, тримаєте ви лілію в саду або вдома, вона схильна до різних захворювань. Хоча вони вважаються стійкими до хвороб, коли на них нападають різні комахи, бактерії або грибки, вони не можуть впоратися з цим самостійно. Групи хвороб: вірусні, бактеріози, мікози. Останні хвороби зазвичай спричинені наявністю шкідливих комах. Комахи, які часто атакують: попелиці, трипси, павутинний кліщ. Комахи також можуть передавати вірусні захворювання. Найчастіше уражає лілії вірус мозаїки. На жаль, ліків проти цього вірусу не існує, і найкраще - знищити рослину. Грибкові захворювання (плямистість листя, сіра цвіль), спричинені різними видами грибів, які атакують підземні та надземні частини рослини.