Захист перців від фітофторозу є складним і включає ряд заходів. Необхідно вжити відповідних профілактичних заходів для запобігання зараження, оскільки хворі рослини не можуть видужати, і подальший розвиток хвороби нічим не зможе запобігти. У районах, де присутній збудник, обов’язкова дезінфекція ґрунту, яка проводиться водяною парою, фумігантами або контактними фунгіцидами. Під час пересадки кожну рослину слід поливати розчином препаратів на основі пропамокарб гідрохлориду, а потім обробляти фунгіцидами на основі металаксилу або манкозебу. Воду, що містить збудник хвороби, не можна використовувати для поливу рослин. Якщо хвороба з’являється масово, хворі рослини слід викорінити і спалити. Більшість культурних сортів перцю сприйнятливі до цього збудника, і важливою порадою, яку необхідно дотримуватися у виробництві, є сівозміна, яка передбачає зміну рослин у просторі та часі.