Агротехнічні, механічні, біологічні та інші заходи застосовуються для захисту від кукурудзяного метелика. Основним заходом боротьби з кукурудзяним метеликом є знищення кукурудзи, в якій зимують личинки кукурудзи. Щоб повністю усунути збиток від цього шкідника, необхідно видалити висушені рослини кукурудзи з поля восени та ранньою весною, і обов’язково до травня місяця. Найкраще було б знищити кукурудзу з заражених полів її спаленням, використовуючи її для підстилки. Його знищують механічно, подрібнюючи кукурудзу і орючи її, але частина популяції личинок виживає в подрібнених шматках. На чисельність кукурудзяного метелика значною мірою впливають погодні умови, а в посушливі роки чисельність особин різко зменшується. Розвитку кукурудзяного метелика сприяють оптимальні умови, температура повітря від 20 до 30ºС і вологість повітря понад 80%, а також щільний посів, характерний для сучасних гібридів. Щільний посів забезпечує підвищену вологість, сприятливу для шкідників. За польотом кукурудзяного метелика стежать за допомогою світлових мисливських ліхтарів, в які ловлять метеликів і підраховують кількість спійманих особин. Наявність метеликів можна також зафіксувати візуальним оглядом рослин кукурудзи, де спостерігається кількість відкладених яєчних послідів, розмір посліду, ембріональний розвиток та момент вилуплення. Поріг шкідливості для кукурудзи становить 10% заражених рослин, а на солодкій кукурудзі цей поріг нижчий і становить 5%. Економічний поріг шкідливості становить від 60 до 80 личинок на 100 рослин кукурудзи. Паразитична оса Регулярним супутником кукурудзяного метелика є паразитична оса Trichogramma. В окремі роки їх наявність регулює кількість кукурудзяних метеликів. Оси розводять і відповідно до певної кількості кукурудзяної молі випускають на поля під кукурудзу в кількості від 10 000 до 20 000 особин/га. Крім цих паразитарних осів, кукурудзяного метелика атакують інші паразитичні комахи, паразитичні мухи.