После первой фазы (выщипывание, удаление растительных остатков, удаление мульчирующей пленки и оросительной системы) переходим ко второй фазе - дезинфекции теплицы и оборудования. Дезинфицируется все: почва, сооружение, капрон, аксессуары в теплице и тому подобное. Средства, используемые для дезинфекции, - это пестициды, специально предназначенные для этой цели, или альтернативные методы: например, известь. Дезинфекцию следует проводить медленно и тщательно, чтобы на следующий сезон процент болезнетворных веществ - а значит, и количество инфекций - снизить до минимума. Для каждого нового сезона рекомендуется использовать новые вспомогательные материалы: опоры, веревки, оросительную систему и мульчирующую пленку. Однако если некоторые из перечисленных предметов используются в течение нескольких сезонов, их нужно дезинфицировать. Дезинфекция проводится вне теплицы в помещении, где хранится вспомогательный материал.