Присутствие вредителя можно определить визуальным осмотром, заметив признаки нападения на плоды: о наличии в плодах личинок или куколок могут свидетельствовать небольшие отверстия в плодах, окруженные гнилью. Если симптомы являются на плодах, отбирают образцы для анализа. Применение феромонов и феромонных ловушек невозможно, поскольку этот вид не производит половых феромонов, которые привлекают особей одного вида во время спаривания, но копуляция происходит в месте кормления, то есть на плодах, которые привлекают для еды особей обоих полов этого вида. Дрозофила наносит ущерб непосредственно перед сбором урожая, а поэтому защита химическими средствами затруднена из-за длительности периода ожидания. Также осложняет химическую защиту и способ развития личинки, который происходит внутри плодов. Применять инсектициды в качестве профилактики, то есть до появления дрозофилы, не нужно, поскольку они не уменьшают численность этого вредителя и одновременно могут привести к уменьшению популяции полезных насекомых, хищников и носителей пыльцы. Кроме того, инсектициды, применяемые против дрозофилы, годятся для обработки не всех видов плодов, требуют проверки перед применением с обязательным чтением инструкции. Также, поскольку речь идет о спелых плодах, необходимо учитывать срок вывода применяемых препаратов и определения времени сбора урожая. Применение агротехнических мероприятий играет решающую роль в борьбе с этим вредителем: сокращение периода между сбором плодов и детальной уборкой, обрезка и удаление зараженных плодов, контроль очистки ящиков и другой упаковки, гигиена краев участков, на которых можно встретить хозяев этого вредителя из стихийной флоры, массовая охота с помощью охотничьих ловушек.