Возбудители грунтовых заболеваний чеснока сохраняются в почве в течение нескольких лет (хламидоспоры, склероции), а внекорневые обработки надземных органов (например, против ржавчины, мучнистой росы, веснушек, плесени) не обеспечивает эффективной защиты от возбудителей белой и сухой корневой и молотой гнили. Соблюдение севооборота (выращивание чеснока на одной поверхности только через четыре года), выращивание более устойчивых местных сортов и хранение посадочного материала в оптимальных условиях, безусловно будут полезными профилактическими мерами. Для обработки посадочного материала можно применять определенные фунгициды. Также можно обработать почву перед посадкой чеснока введением микробиологических препаратов на участки, где ожидается повреждения грунтовыми болезнями. Если чеснок производится для собственных нужд, на небольших грядках, на приусадебных участках, высаживаются здоровые луковицы в севообороте (на одной грядке только каждый четвертый или даже лучше - пятый год), а с сорняками идет борьба механическим способом (срыванием и окопкой), то чесночным мушкам сложнее покрыть такие поверхности паутиной. На крайний случай - повесьте желтые клейкие доски от мух. Другие гарантии качественного производства чеснока для собственного использования, как правило, не нужны. Но, если чеснок производится для рынка на больших площадях, то химический контроль сорняков является более важным мероприятием ухода за посевами, и нужно принимать профилактические меры для защиты от важнейших и самых распространенных вредителей (чесночная муха), включая болезни листьев (ржавчина, пероноспороз), плесень и гниль головки .