Чесночная муха (Helomyza / Suilia) - вредитель, который атакует только чеснок. Борьба с ним осуществляется таким же способом и с помощью тех же инсектицидов, что и для луковой мухи, путем внесения перед посадкой или опрыскиванием во время полета мухи. Посадка чеснока ранней осенью или поздней весной может уменьшить и смягчить последствия атаки. Луковая моль (Acrolepia assectella) наносит вред луку, луку-порею и чесноку. Она имеет два поколения в течение года, а третье появляется только в теплых регионах. На небольших участках защита не является необходимой, она проводится на площадях для производства семенного лука путем опрыскивания инсектицидами в течение лета бабочек первого и второго поколений. Чеснок также повреждается стволовой нематодой рода Ditylenchus. Листья желтеют и гниют, луковицы становятся мягкими, пустыми и непригодными для посадки. Растительный патоген Peronospora destructor наносит большой вред луковичным овощам и даже чесноку, уменьшая урожайность и вызывая гниение зараженных луковиц при хранении. Основным мероприятием защиты является посадка здоровых зубков и соблюдение севооборота. На чесноке паразитируют несколько видов рода Botrytis, некоторые на надземных частях, Белая гниль (Sclerotium cepivorum) атакует все луковичные овощи, а чеснок является наиболее чувствительным к ней. Инфекции происходят из почвы, в котором гриб выживает в виде склероций течение нескольких лет. Защита - многолетний севооборот (по крайней мере три года). Puccinia allii - вид грибов ржавчины, который также наносит значительный ущерб чесноку. Защита относится к уничтожению зараженных растительных остатков.