Осенью корень сельдерея готов к уборке, когда он достигает веса 300 - 700 г. Урожайность корня сельдерея может составлять 30 - 50 т/га. Если корень сельдерея предназначен для хранения или переработки, то сначала удаляют листья, а затем его выкапывают экстрактором для свеклы или картофеля. Сельдерей следует собирать в сухую погоду, чтобы у корней было как можно меньше почвы, что облегчит дальнейшую очистку. После извлечения корень сельдерея сначала очищают от земли и обрезают все маленькие корни, затем промывают и упаковывают в ящики или сетчатые пакеты. Сельдерей, предназначенный для хранения, нельзя мыть. Его можно хранить до 8 месяцев при температуре 0 °С и относительной влажности воздуха 97%. Также можно хранить корни в ящиках с песком в подвалах, так же как морковь.