Восени корінь селери готовий до збирання, коли він досягає ваги 300 - 700 г. Врожайність кореня селери може становити 30 - 50 т/га. Якщо корінь селери призначений для зберігання або переробки, то спочатку видаляють листя, а потім її викопують екстракторами для буряка або картоплі. Селеру слід збирати в суху погоду, щоб біля коріння було якомога менше ґрунту, що полегшить подальше очищення. Після вилучення кореня селери його спочатку очищають від землі й обрізають усі маленькі коріння, потім промивають і упаковують у ящики або сітчасті пакети. Селеру, що призначена для зберігання, не можна мити. Її можна зберігати до 8 місяців при температурі 0 ° С та відносній вологості повітря 97%. Також можна зберігати коріння в ящиках з піском у підвалах, так само як моркву.