При однорічному вирощуванні хрін вивозять пізно восени, коли рослина вступає в спокій і листя жовтіє. У виняткових випадках його можна видалити взимку (якщо ґрунт не мерзлий і температура вище 0 °C) і навесні до початку нової вегетації. Якщо підщепи через посуху чи інші причини не досягли необхідних розмірів, урожай залишають ще на рік. Хрін копають різними спеціальними копачками (для буряків, картоплі чи моркви), які регулюють якомога глибше, щоб вивести всю рослину на поверхню. Урожайність хрону може становити 7 - 10 т/га. Коріння очищають від ґрунту, обрізають листя, вторинні пагони для розмноження чи обробки, а також дрібні коріння та бруньки. Перероблений хрін можна зберігати до 6 місяців при температурі 0 - 1 ° C та відносній вологості повітря 95%. Неперероблений хрін можна добре зберігати в підвалах з хорошим захистом від морозу.