Стародавні мешканці Кавказьких гір не знали, як пояснити утворення кефірних грибків, тому серед них живе легенда про те, що сам пророк Мухаммед давав кефірні зерна віруючим у цій місцевості.

У первісному вигляді кефір виготовляли з коров’ячого та козячого молока, яке бродило у шкіряних мішках із козячої шкіри. Мішки, в яких відбувалося бродіння або підкислення кефіру, кавказці зазвичай вішали на двері будинку, так що кожен, хто входив або виходив, автоматично штовхав мішок і тим самим додатково перемішував вміст.

Згодом, новини про використання кефіру при лікуванні туберкульозу та шлунково-кишкових і кишкових захворювань почали поширюватися поза межами Кавказьких гір, і у другій половині XIX століття виробництво кефіру поширилося на Східну та Центральну Європу, а потім і по всьому світу. Зерна кефіру - це спільнота різних мікроорганізмів, що потрапили в частково деградовані білки.

Оскільки кавказький народ вірив, що зерна втратять свою силу, якщо потраплять в руки чужинців, він ретельно охороняв зерна кефіру як частину племінного багатства і таким чином передавав рецепт створення напою із покоління в покоління. Протягом століть інші народи чули історії про магічні властивості цього незвичайного напою і почали також його виробляти.

Після підкислення теплообробленого молока зернами кефіру та відокремлення їх від кефіру, який на цій стадії ще є незрілим продуктом, для остаточного дозрівання його поміщають у холодильник. Там, з допомогою дріжджів, виробляється Co2 та зменшується кількість спирту.

При більш тривалому зберіганні (2-3 тижні) кількість молочнокислих бактерій зменшується, а кількість дріжджів збільшується. Тому рекомендується вживати домашній кефір протягом десяти днів з моменту виробництва.