При прямой севе основной корень может достигать глубины свыше 1 м. Разветвление корня начинается сразу под поверхностью почвы, а его система может достигать в диаметре около 1 м, большая часть расположена в слое почвы глубиной до 30 см. Помидор обладает способностью образовывать на стебле придаточные корни, используемые при глубокой посадке, когда саженец высаживается у части стебля. При хорошем водообеспечении почвы разветвления и масса корней меньше, а при слабом - больше. Томат имеет разветвленный стебель. Есть два основных типа стебля - индетерминантный (с неограниченным ростом) и детерминантный (ограниченный рост). Сорта первого типа называют высокими, а другой - низкими или кустистыми. Индетерминантный стебель может вырасти на несколько метров. Верхушка активная тех пор, пока имеет благоприятные условия роста. После первого соцветия у него обычно развивается 3 листа, потом второе соцветие, затем 3 листа и третье соцветие и тому подобное. Вторичные ветви (початки) развиваются из пазух листьев, которые обычно удаляются. Если их не удалять, у них одинаковое расположение листьев и соцветий. Детерминантный стебель обычно имеет более короткие междоузлия, а главный стебель вырастает на 0,5-1 м, затем перестает расти, а наверху часто находится соцветие. Из пазух листьев быстро развиваются вторичные ветви, которые имеют такое же расположение листьев и соцветий, что и основной стебель, поэтому все растение имеет кустистый вид. Поскольку несколько второстепенных ветвей развиваются одновременно, цветение и развитие плодов пропорционально сочетаются, что является преимуществом для томатов, предназначенных для консервной промышленности, поскольку позволяет получить единовременный механизированный сбор урожая. Форма плодов круглая гладкая, круглая ребристая, круглая, слегка сплющенная, круглая (шарообразная), слегка вытянутая в форме сердца, цилиндрическая, грушевидная и сливовидная.