Патогени рослин, тобто мікроорганізми, можуть суттєво регулювати кількість бур’янів у певному середовищі. Таким чином, напр. гриб Coletotrichum utilix інфікує та контролює Xanthium spinosum, Corilicum spp. та Mycosphaerella spp., може інфікувати Pteridium aquilinum. Amaranthus retroflexus чутливий до гриба Rhizotonia solani та ін. З метою боротьби з повитицею(Cuscuta spp.) вивчається можливість використання гриба Alternaria cuscutoides, а також інших видів грибів. Збудник вводиться двома способами: класичним методом зараження бур’янів та подальшого незалежного поширення, і мікрогербіцидною обробкою культурних рослин збудниками бур’янів. Переваги та недоліки використання біопестицидів на основі грибків Деякі з можливих переваг біопестицидів перед хімічними речовинами полягають у тому, що вони екологічно чисті, непостійні (не мають тривалої дії) і менш схильні до стійкості. З іншого боку, недоліками біологічного контролю є: нижчий рівень та неможливість тривалого контролю, можливість мутацій, мінливість та неможливість застосування на більших площах.