Непаразитарні хвороби або пошкодження плодів яблуні виникають внаслідок низьких або підвищених температур, нестачі або надлишку вологи в ґрунті та повітрі, нестачі або надлишку сонячного світла, штормового вітру, поживних речовин, токсичності певних елементів у ґрунті або атмосфері. Вони також виникають через недостатній рН ґрунту, фітотоксичність засобів захисту рослин. В результаті це сприяє підвищеній чутливості рослин до збудників хвороб, особливо у стресових ситуаціях. Мороз викликає тріщини на плодах Низькі температури взимку зазвичай не викликають порушень, але низькі температури після пробуждення рослинності можуть пошкодити бруньки, листя, квіти та плоди. Залежно від стадії розвитку плодів виникають різні пошкодження. Сильний мороз може призвести до глибоких тріщин на плодах. У разі слабших заморозків плоди розтріскуються, а на таких неглибоких тріщинах розвивається коркова тканина. Якщо мороз стався пізніше, утворюється кільцеподібна коркова сітка. Таким чином, пошкоджені морозом плоди продовжують розвиватися і рости, а сітчастий корковий шар залишається на них. Стрес від високих температур часто пов'язаний з нестачею вологи в ґрунті. Коли яблуко страждає від посухи, листя виглядає зів’ялим, змінює колір на жовтий, а потім буріє і передчасно опадає. Рослина відкидає плоди під впливом посухи, а недостиглі плоди передчасно опадають, тому врожайність може бути значно знижена. Якщо сухий сезон збігається зі стадією формування квіткових бруньок, урожай у наступному році також буде знижений. У таких випадках зрошення часто починається занадто пізно, а плоди лопаються через надмірну кількість води. Пошкодження від високих температур та сильного сонячного світла можна помітити на листі та плодах у вигляді більших чи менших опіків. Невеликі опіки можуть статися після літньої обрізки, коли плоди залишаються безпосередньо на сонці.