Використання органічних добрив в органічному виробництві томатів є основним принципом підживлення, оскільки відсутні негативні наслідки для здоров’я та харчової цінності культурних рослин та негативний вплив на навколишнє середовище. Для садівників-органіків компост є найбільш екологічно чистим добривом. При зберіганні компосту невикористані рослинні залишки переробляються і повертаються в ґрунт, а довкілля максимально захищається. Гній можна використовувати як джерело поживних речовин, які повинні бути повністю розкладеними, оскільки в іншому випадку при його розкладанні витрачається багато води, що негативно впливає на ріст і розвиток томатів. Загальне правило серед садівників-органіків - покривати ґрунт навколо рослин у садах подрібненим і сухим рослинним матеріалом. Мульчування соломою, сіном, подрібненими гілочками та рослинними рештками, крім зменшення випаровування води, запобігає розвитку бур’янів та утворення ґрунтових кірок. Листя живокосту (багаті калієм) і листя томатів підходять для покриття ґрунту, на якому росте помідор. Біорозкладна мульчуюча плівка часто використовується як покривний матеріал на великих сільськогосподарських ділянках у органічному виробництві томатів, під якими існує система крапельного зрошення. Під час вегетації найголовніше - забезпечити помідори достатньою кількістю світла, тепла та вологи. Догляд за помідорами полягає у видаленні в’ялих квітів і листя, зайвих пагонів. Бічні пагони, що ростуть з основного стебла помідора, необхідно відірвати, поки вони маленькі запобігаючи утворенню кущистого вигляду та меншій повітряності. Обрізанням верхівки після того, як рослина розвиває 4-6 квітучих гілочок, прискорюється дозрівання плодів, а нижчі старі листя видаляються для кращої вентиляції. Полив і підживлення помідорів слід пристосувати до росту рослини.