У світі існує багато різних груп грибів, біопестициди на основі цих мікроорганізмів мають різні механізми дії. Найпоширенішими механізмами дії грибів є: конкуренція, мікропаразитизм та утворення метаболітів. Для комерційного виробництва біопестицидів часто використовуються гриби Beauveria Basiano та Trichoderma spp, тоді як препарати на основі цих грибів часто використовують у теплицях, у виробництві декоративних рослин, овочів, зерен, а також у лісовому господарстві для боротьби з великою кількістю мікроорганізмів. Гриби борються з іншими патогенними організмами за простір і їжу Група грибів Trichoderma spp. - одна з найпоширеніших, що існує в природі. Ці гриби мають здатність колонізувати корінь культурних рослин, без негативного впливу на нього, і є чудовим біоконтрольним агентом. Trichoderma spp., поряд з іншими патогенними грибами, бореться за їжу та простір, стимулюючи тим самим захисний механізм рослин. Гриб Trichoderma harzianum використовується для боротьби з сухою гниллю, тоді як вид Pytium oligandrum є антагоністом видів Phytophtora, Rhizoctonia Verticillium та Sclerotinia. Біофунгіциди на основі гриба Coniothyrium minitans використовуються для боротьби з грибами роду Sclerotinia, а Ammpelomyces quisiqualis - для боротьби зі збудником борошнистої роси. Існує кілька сотень грибів, які діють на комах Beauveria bassiana - це гриб, який діє як паразит багатьох видів комах. B. bassiana має широкий спектр господарів, хоча є й специфічні види для кожного типу комах. Спори гриба B. bassiana прилипають безпосередньо до кутикули хазяїна, де проростають і виробляють ферменти, які розщеплюють кутикулу, проникаючи в тіло комахи, харчуючись внутрішніми тканинами й виділяючи токсини. Після смерті комахи, колір змінюється на рожевий або коричневий, а її внутрішня частина повністю заповнена грибковим міцелієм. B. bassiana ефективний у боротьбі з попелицями, трипсами, картопляними жуками тощо.