Усі види рослин, які ми вирощуємо, чутливі до різних захворювань, включаючи часник. Найчастіше його атакують гриби родів Botrytis, Fusarium, Peronospora, Puccinia та Sclerotium. Посадковий матеріал цибулинних овочів може передавати різні мікроорганізми, переважно грибкові збудники, тому слід обережно вибирати головки для розмноження. Зараження може статися на місці відокремлення, якщо овочі довше зберігаються. У разі хвороби важливо розпізнати симптоми і почати захист у потрібний час. Найважливіший спосіб захисту — сівозміни Важливо контролювати кількість та розподіл опадів, температуру, а також відносну вологість та утримання вологи на надземних органах при визначенні оптимальних періодів захисту. Найважливіший захід — дотримання сівозміни через 4 роки. Слід вирощувати стійки сорти, а посадковий матеріал зберігати в оптимальних умовах. Для захисту рекомендується використовувати фунгіциди, які діють на дві хвороби одночасно.